| トロフィー | 種類 | 入手方法 |
| END OF REVENGENCE | プラチナ | 全てのトロフィーを獲得する。 |
| 案件R-00：要人警護 終了 | ブロンズ | 案件R-00要人警護クリア |
| 案件R-01：クーデター鎮圧 終了 | ブロンズ | 案件R-01クーデター鎮圧クリア |
| 案件R-02：研究所調査 | ブロンズ | 案件R-02研究所調査クリア |
| 案件R-03：摩天楼へ | ブロンズ | 案件R-03摩天楼へクリア |
| 案件R-04：本社討ち入り 終了 | ブロンズ | 案件R-04本社討ち入りクリア |
| 案件R-05：Escape from Denver 終了 | ブロンズ | 案件R-05Escape from Denverクリア |
| 案件R-06：荒野の決闘 終了 | ブロンズ | 案件R-06荒野の決闘クリア |
| 案件R-07：暗殺阻止 終了 | ブロンズ | 案件R-07暗殺阻止クリア |
| 雷神の化身 | ゴールド | 難易度「REVENGEANCE」でストーリーモードをオールSランクでクリアする。 |
| 鋼の尻尾 | ブロンズ | 案件R-00でメタルギアRAYの尻尾を切断する。 |
| 撮影NG | ブロンズ | 案件R-01でガンカメラを全て破壊する。 |
| 仔雷電 | ブロンズ | 案件R-02で仔月光で兵士を全て気絶させる。 |
| 暗黒 | ブロンズ | 案件R-03で廃地下鉄でオーグメントモードを使わずクリア |
| 相輪 | ブロンズ | 案件R-04で五重塔の屋根飾り(相輪)を切断する。 |
| 逃亡 | ブロンズ | 案件R-05を7分以内にクリア |
| 奇襲 | ブロンズ | 案件R-07で敵に見つからず目的地に到達 |
| 殺戮の天才 | シルバー | 難易度「HARD」以上でミストラルをノーダメージで倒す。 |
| 虐殺の継承者 | シルバー | 難易度「HARD」以上でモンスーンをノーダメージで倒す。 |
| 最も純粋な人間 | シルバー | 難易度「HARD」以上でサンダウナーをノーダメージで倒す。 |
| 歴史が選んだ者 | シルバー | 難易度「HARD」以上でサムエルをノーダメージで倒す。 |
| 力で敵を黙らせ生き延びてきた人間 | シルバー | 難易度「HARD」以上でアームストロングをノーダメージで倒す。 |
| サイボーグ反対 | ブロンズ | ストーリーモードでサイボーグを通算100体倒す。 |
| サイボーグ強化反対 | ブロンズ | ストーリーモードで強化型サイボーグを通算100体倒す。 |
| サイボーグ重武装禁止 | ブロンズ | ストーリーモードで重武装サイボーグを通算100体倒す。 |
| ヤモリ嫌い | ブロンズ | ストーリーモードで月光を通算10体倒す。 |
| シルバーパック | ブロンズ | ストーリーモードでマスティフを通算10体倒す。 |
| 恐竜絶滅 | ブロンズ | ストーリーモードでラプターを通算10体倒す。 |
| アメンボ狩り | ブロンズ | ストーリーモードでウォーターストライダーを通算5体倒す。 |
| ウルフハンター | ブロンズ | ストーリーモードでフェンリルを通算10体倒す。 |
| スライダー・ストライク | ブロンズ | ストーリーモードでスライダーを通算10体倒す。 |
| ハンマーヘッド・ダウン | ブロンズ | ストーリーモードでハンマーヘッドを通算10機撃墜する。 |
| フンコロガシ転がし | ブロンズ | ストーリーモードで仔月光を通算30体倒す。 |
| 変装破り | ブロンズ | ストーリーモードに登場する人型仔月光を全て倒す。 |
| 吸血鬼 | ブロンズ | ストーリーモードで斬奪を通算50回成功させる。 |
| 凌げぬもの無し | ブロンズ | ストーリーモードで、1分間にシノギを連続10回成功させる。 |
| 暗殺者 | ブロンズ | ストーリーモードでニンジャキルを通算30回成功させる。 |
| チャンスは逃さん | ブロンズ | ストーリーモードでチャンスアタックを通算50回決める。 |
| 不殺十年 | ブロンズ | ストーリーモードで不殺を10回達成する。 |
| 一閃 | ブロンズ | 斬撃モード中、1回の攻撃で敵3体を切断する。 |
| 百人斬り | ブロンズ | ストーリーモードで敵を通算100体切断して倒す。 |
| 挑発こそ礼儀 | ブロンズ | ストーリーモードで仔月光操作中に出会う他の仔月光全てとコミュニケートする。 |
| 資本主義サイコー | ブロンズ | 全てのカスタマイズアイテムを使用可能にする。 |
| 左手コレクター | ブロンズ | 敵上官の左手を全て集める。 |
| アマチュア無線一級 | ゴールド | 多くの無線を聞く。 |
| 開梱師 | ブロンズ | ダンボールに身を潜めた兵士を全て発見する。 |
| データセンター | ブロンズ | データストレージを全て回収する。 |
| 弱者の救済 | ブロンズ | 民間人を全て救出する。 |
| 解析完了 | ブロンズ | 全てのVRミッションを使用可能にする。 |
| VRマスター | ブロンズ | 全てのVRミッションをクリアする。 |
| 仮想世界の神 | ゴールド | 全VRミッションで1stの記録を更新する。 |
